Sự thay đổi sâu sắc nhất có thể nhận thấy ở Vịnh Đầm Môn. Cảng Đầm Môn đang xây dựng, mặt nước loáng dầu do tàu thuyền hoạt động nhiều trong vịnh.
Ở Tuy Hòa, Đầm Ô Loan ngày càng ô nhiễm nặng do hoạt động nuôi trồng quanh bờ. Mầu nước trong đầm chuyền sang màu lục khác với màu xanh trong của nước biển chỉ cách vùng bờ đầm vài trăm mét. Mật độ đi lại của thuyền đánh cá, tàu vận tải qua vùng này cũng góp phần gây ô nhiễm.
Vịnh Vũng Rô trở thành ngư trường nuôi cá mú, tôm đã lấy mất cơ hội phát triển du lịch (xem ảnh).
